«Жас дәурен» ООСО медицина бағыты ең бірінші орында. Себебі, орталыққа келген әрбір баланың денсаулығына үлкен жауапкершілікпен қарау орталықтың басты міндеті болып саналады. Орталық медицина қызметкерлері бәрі кішіпейіл, өз жұмыстарының білікті мамандары.
Күн тәртібінің дұрыс ұйымдастырылуы және денсаулықты күшейтуге, ағзаны сергітуге, дене тәрбиесі әдістеріне табиғи факторларды рационалды қолдану «Жас дәурен» балаларының сауықтырылуының негізі болып табылады. Көлдердің жағалаулары, жағажайдың жылы топырағы арқылы оқушылар жақсы жылытылады, желдетіледі. Осы табиғи емдік факторлар «Жас дәуренде» сауықтыру іс-шараларын өткізгенде табысты қолданылуда және балаларға жаз уақыттарында түрлі аурулармен ауырмауға септігін тигізуде.
Аэротерапия, әр түрлі шөптен жасалған фитошайлар иммундық жүйелерін, тыныс жолдарын кеңейтеді. Таза ауа ағзаны сергітеді, түрлі ауруларға төтеп бере алуын және иммундық жүйені күшейтеді. Сонымен қатар, орталықта массаж және ингаляция бөлімдері жұмыс жасайды.